マイコンクロックカウント取得方法

わわいです
計測対象が１６ビット内で収まるのが確実であるなら、カウンタがオーバーフローしたところで単純な１６ビット値の差分で計測値が算出できます。

＞unsigned short型で引く計算を実施した場合、0x8000→0x7FFFになったとき数値が大きくなるからです。また、signed ＞short型の場合　0x0000→0xFFFFになったとき、数値が 0- 65565になるからです。
こうはなりません。
一度計算してみましょう

チョコです。
TDRレジスタが0xFFFFでタイマのカウント周期が0x10000カウント（0xFFFF～0x0000）ならば，クリアを不要です。
1msを24MHzでカウントすると24000カウント（0x5DC0）です。たとえば，カウント値（TCR）が0x5DB0から1msだと，
0x0000になった後さらに0x0010カウント必要なので，0xFFFF～0xFFF0までカウントして1msとなります。
そこで，1回目の値（0x5DB0）から2回の値（0xFFF0）を引くと，32ビットで表せば0xFFFF5DC0となります。計算
そのものを16ビットでやれば，ボローを無視すれば，0x5DC0が得られます。
ということで，0xFFFF～0x0000の16ビットでカウントしていれば，同じ16ビットで演算すると，補正は必要なく，
単純に引くだけで済みます。
どうしてもクリアしたいなら，TTレジスタでタイマを停止し，TSレジスタでカウントを開始させてください。