ドキュメント『E2エミュレータ, E2エミュレータLiteユーザーズマニュアル別冊 (RA接続時の注意事項)』の『2.4.3. JTAG接続』を参照しますと、TCKやTDI信号等がプルアップされておりません。RXでは同信号のプルアップが指定されていたのですが、RAではプルアップ不要となったのでしょうか。
https://www.renesas.com/jp/ja/document/mat/e2-emulator-e2-emulator-lite-additional-document-users-manual-notes-connection-ra-devices
おそらくですがマイコンのリセット後のポート状態でプルアップがあるからだと思います。ご使用のRA品番のユーザーズマニュアルでJTAGピンのリセット後の状態が確認できます。TCLK（SWCLK）についてARMは100kプルダウンを推奨しているのにRAでは内部プルアップなのはなぜ？という疑問はあります。developer.arm.com/.../ARM-Standard-JTAG
ご回答ありがとうございます。
ユーザーマニュアル確認するようにいたします。