■Ｅ１を外すと動作が遅くなるのはなぜ？

かるびさん、こんにちは。
8.11 発振停止検出機能が影響しているのではないでしょうか？
メインクロックから内部発振クロックへの切り替えは、発振停止の検出をきっかけにして自動的に行なわ
れます。発振停止を検出した後にメインクロック発振器が動作を再開した場合でも、内部発振クロックでの
動作を継続します。ただし、端子リセット、パワーオンリセット、および電圧監視リセット中に限り、内部
発振クロックからメインクロックへの切り替えも行われますので、メインクロック発振器が発振を開始した
後はメインクロックで動作します。
とありますので、発信器が安定するまで、リセットがかかっている場合はメインクロックに切り替わるかと思います。
原因としては、水晶周りのパターンなどのも影響すると思います。
暫定対策としては、電源投入後、一定時間経過してからプログラムでメインクロックに戻せば、元の速度で動作するのではないでしょうか。

もしくは、リセット時間が足りないだけかもしれません。
秋月のRX621マイコンボード(K-05112)であれば、R6,R7,C7,D7付近がリセット回路となっており、この値が間違っていると、リセット時間が充分ではない可能性があります。
BlueBoard-RX62N_100pin(M-06324)なら、R25,C7,D3あたりが、同様な回路となります。

HiRoSan さん、Kirinさん、ご解答、ありがとうございます。

VCLを0.1uFに変更しましたが変わりませんでした、異常です。

やってみたこと。電源ON後の状態を確認
①#RSTに接続しているリセットIC MCP111T-290E/TTを外す：正常
　MCP111：Reset Delay　0sec
②RSTnにコンデンサ0.1uF 104：異常
　大きすぎたのか？
③#RSTにコンデンサ0.01uF 103：正常
※#RSTにはPull-Up4.7kの抵抗が接続されています。
　正常は電源投入後のスイッチONでリセット（GND接続）後のLED点滅と同じ状態


ハードウェアマニュアル上にリセット発振安定時間10msとあるので考慮するため、適したリセットICを探してみます。

かるびです
解決しました、リセットＩＣ交換の交換で対応
　MCP121T-300E/TT：Reset Delay　120 ms

皆様、ご指導ありがとうございました。

かるびです
解決しました、リセットＩＣ交換の交換で対応
　MCP121T-300E/TT：Reset Delay　120 ms

皆様、ご指導ありがとうございました。