タイマーRDのPWMデューティ比を0%設定

チョコです。
はい，そのような設定例がマニュアルに記載されているはずです。
例えば，RL78/G14やRL78/G1Fでは「図8 - 55 PWM機能の動作例(デューティ0％, デューティ100％)」に記載されていますので，そちらを参照してください。

チョコです。
はい，そのような設定例がマニュアルに記載されているはずです。
例えば，RL78/G14やRL78/G1Fでは「図8 - 55 PWM機能の動作例(デューティ0％, デューティ100％)」に記載されていますので，そちらを参照してください。

PWMの出力停止させるとき、必ずLOWレベルで停止させたいのですが、コンペアマッチで割り込み発生したときは、スレーブはLOWでしょうか。割り込み発生させる前にデューティを1%にして割り込み発生させてスレーブ設定を0x0640にすれば必ずLOWになるのでしょうか。教えてください。

チョコです。
>コンペアマッチで割り込み発生したときは、スレーブはLOWでしょうか。
割り込み（INTTRDx）の要因として何を選択しているかで，割り込みのタイミングが異なるようです。
どの要因かを明確にしてください。
また，PWM信号はアクティブ・レベルがLowとHighが選択できるので，どちらになっているかで異なります。
設定を明確にしてもらわないとどのような出力になるかは断言できません。
アクティ・レベルがHighであれば，0%デューティなら出力はLowになるはずです。